A lo largo de este siglo, se mantiene de alguna manera la pugna con Bilbao por el control del comercio lanero, que Portugalete sigue manteniendo todavía.
En el XVI, se iniciaron obras documentadas de mejora de la navegación en la barra de Portugalete, que aunque continua siendo un problema a lo largo de este siglo, también suponía una fuente de ingresos para la villa que cobraba por ayudar a los navíos a cruzarla, en 1651 se constituye en Portugalete la Cofradía de Mareantes de San Telmo y de San Nicolás, cuyo objeto fue la organización del practicaje de la Ría.
Aún no existía el muelle, y las naves encallaban fácilmente contra la barra.
Cuadro cronológico:
- 1614 – 23 de agosto es bendecido e inaugurado el Convento de Santa Clara.
- 1615 – Elaboración y reforma de las Ordenanzas Municipales de la Villa.
- 1624 – Nace Francisco Díaz de la Pimienta renovador del arte naval militar.
- 1635 – Martín de Vallecilla, el almirante, fallece.
- 1636 – Fallece Ana del Casal. Abadesa de Santa Clara.
- 1651 – Se constituye la Cofradía de Mareantes de San Telmo y de San Nicolás, cuyo objeto fue la organización del practicaje de la ría, para lo cual obtuvieron la debida aprobación del Consulado de Bilbao.
- 1663 – Pleito con Santurtzi sobre la jurisdicción de la Villa.
- 1674 – Fallece Cristóbal del Mello. Almirante y benefactor.
