La Villa portugaluja fue perdiendo a partir del siglo XVI los derechos de monopolio sobre el comercio y la pesca, arrebatados por el puerto de Bilbao. Desde el punto de vista portuario, fue en un principio el lugar de salida de la lana castellana hacia Flandes, como antepuerto de Bilbao que era y centro exportador para el gremio mercantil que controlaba el comercio lanero norteño, es decir, la Universidad de Mercaderes de Burgos.
No obstante Bilbao, apoyándose en el poder de la monarquía, le fue arrebatando este monopolio comercial, y el territorio de la Ría, desde Barrica a Erandio aproximadamente, por la margen derecha, y de Somorrostro a Luchana, por la orilla izquierda. Esta zona le había sido concedida a Portugalete en el privilegio de fundación de 1322, como demarcación de exclusivo dominio económico y mercantil. Los habitantes comprendidos en esta área de verdadera hegemonía jarrillera no podían descargar ningún género sin el permiso del alcalde portugalujo.
A pesar del decidido apoyo de la Corona a Bilbao, Portugalete mantuvo la Ría de su nombre bajo su poder hasta fines del Setecientos. A partir de entonces la ciudad se dedicó a vivir más que nada de los ingresos que percibía por derechos de practicaje para ayudar a atravesar la peligrosa «Barra de Portugalete», a todas las embarcaciones que penetraban en la Ría.
Cuadro cronológico:
- 1502 – Se nombran varios técnicos, Juan de Garita y Guiot de Beaugrant para que hicieran un informe sobre el estado de la barra de Portugalete, que era muy peligrosa.
- 1515 – Se colocan unas grandes boyas de Flandes en la barra y en la cabecera del canal para encauzarlo y aumentar el fondo
- 1526 – El Emperador Carlos V y su madre Doña Juana confirman el Privilegio de Portugalete. El Emperador Carlos V y su madre Doña Juana confirman el Privilegio de Portugalete, en la ciudad de Sevilla y fue traído a Portugalete el 3 de junio donde lo recibió su alcalde Sancho de Ugarte. El original extendido en medio pliego de papel apergaminado, con sello de cera que se ha desprendido del documento en cuestión, se conserva en el Archivo de la Villa.
- 1530 – Se construye un muelle de sesenta brazas.
- 1540 – Después de muchos años de trabajo en los muelles de Portugalete, estos tienen una longitud de 400 brazas.
- 1547 – Alianza entre la Universidad de Mercaderes de Burgos con Portugalete para embarcar sacas de lana hacia Flandes, dejando de cargarlas en Bilbao, el pacto no duró mucho, ya que la flota portugaluja no podía competir con la bilbaína.
- 1558 – Burgos, Bilbao y Portugalete firman un compromiso obligándose a la continuación de los trabajos de los muelles, trabajo que dirigió el maestro cantero Erauso.
- 1561 – Felipe II otorga su confirmación.
- 1568 – El 22 de agosto Portugalete y Bilbao firman otra escritura sobre el arreglo de los muelles.
- 1580 – Se termina la construcción de la Iglesia de Santa María, el principal de sus ejecutores es el maestro Garita.
